Η σημερινή ονομασία, Χανιά, κατά την επικρατέστερη εκδοχή, αποδίδεται στους Σαρακηνούς Άραβες, οι οποίοι κατέλαβαν την Κρήτη το 823. Στον ευρύτερο χώρο της Κυδωνίας υπήρχε η "Αλχανία κώμη" από το όνομα του θεού Ήφαιστου (Vulcanus). Το εύκολο στην προφορά αυτό όνομα διατήρησαν οι Άραβες, συγχέοντάς το με το δικό τους Al Hanim (=το Χάνι).

Ο Ιταλός (από τη Φλωρεντία) Χριστόφορος Μπουοντελμόντι, που επισκέφθηκε την Κρήτη το 1415, δίνει μια άλλη εκδοχή για την ονομασία, ότι πήρε το όνομα Λαχανέα, εξ αιτίας των λαχάνων της, και χλευαστικά οι Ενετοί την ονόμαζαν CANEA, που σημαίνει "Σκύλα", "εξ αιτίας των μη δίκαιων κατοίκων της".

Πηγές:

• Μιχάλης Ανδριανάκης, Η Παλιά Πόλη των Χανίων, εκδ. Αδάμ, 1997.
• Γιάννης Τσίβης, Χανιά 1252-1940, εκδ. Γνώση, 1990.
• Στεφ. Ξανθουδίδου, Ιστορία της Κρήτης, εκδ. Κουλτούρα, Αθήνα, 1981.
• Νίκος Ψυλλάκης, Κρητική Μυθολογία, εκδ. Καρμάνωρ, Ηράκλειο, 1996.