Άλλες μυθολογικές αναφορές συνδέουν την ονομασία της πόλης με τον Κύδωνα, εγγονό του Μίνωα. Ο Κύδωνας ήταν γιος της κόρης του Μίνωα, της νύμφης Ακακαλλίδας (αναφέρεται και ως Ακάλη, εθεωρείτο νύμφη που είχε την ονομασία φυτού, του νάρκισσου) και του θεού Ερμή.

Στα νομίσματα της αρχαίας Κυδωνίας εικονίζεται ο Κύδωνας να θηλάζει κρητικό λαγόσκυλο, καθώς η Ακακαλλίδα τον είχε εγκαταλείψει και ανατράφηκε από κρητικό σκύλο στα βουνά.

Η φιλοξενία του Κύδωνα ήταν παροιμιώδης και δηλωνόταν στην αρχαιότητα με το απόφθεγμα "Αεί τις εν Κύδωνος". Υπάρχει όμως και μια τραγική ιστορία στη μυθολογία: Ο Κύδωνας ήθελε να παντρέψει την κόρη του Ευλιμένη με το βασιλιά της γειτονικής πόλης Απτέρας, τον Άπτερο. Εκείνη όμως αγαπιόταν κρυφά με τον Λύκαστο, βασιλιά της ομώνυμης κρητικής πόλης. Πριν το γάμο όμως ξέσπασε πόλεμος ανάμεσα στην Κυδωνία και τις γειτονικές πόλεις. Ο Κύδωνας ζήτησε χρησμό από το Μαντείο των Δελφών που είπε ότι έπρεπε να θυσιαστεί μια παρθένα. Ο κλήρος έπεσε στην κόρη του Ευλιμένη, που θυσιάστηκε παρά το ότι περίμενε το παιδί του Λύκαστου. Στη συνέχεια, ο Άπτερος σε ενέδρα δολοφόνησε το Λύκαστο, φοβούμενος την εκδίκησή του. Μετά από αυτό, Λύκαστος και Ευλιμένη συναντήθηκαν πια στον Κάτω Κόσμο, ενώ ο Άπτερος έφυγε για τη Λυκία της Μικράς Ασίας.

Πηγές:

* Μιχάλης Ανδριανάκης, Η Παλιά Πόλη των Χανίων, εκδ. Αδάμ, 1997.
* Γιάννης Τσίβης, Χανιά 1252-1940, εκδ. Γνώση, 1990.
* Στεφ. Ξανθουδίδου, Ιστορία της Κρήτης, εκδ. Κουλτούρα, Αθήνα, 1981.
* Νίκος Ψυλλάκης, Κρητική Μυθολογία, εκδ. Καρμάνωρ, Ηράκλειο, 1996.